L'AFEF regroupe la très grande majorité des hépatologues français, c'est-à-dire des spécialistes des maladies du foie et des voies biliaires. Ces maladies sont fréquentes et très diverses car il existe de nombreuses causes d'agression du foie : virus des hépatites, agents toxiques (alcool), anomalies de l'immunité (maladies dites autoimmunes), anomalies du métabolisme soit d'origine génétique comme dans certaines surcharges en fer, soit acquises au cours de la vie (diabète, obésité en particulier),…Lorsqu'elles évoluent de façon prolongée sur des années, le principal risque de l'ensemble de ces maladies est la constitution d'une cirrhose, puis éventuellement la survenue d'un cancer du foie.
 
Les hépatites chroniques virales B ou C sont des maladies particulièrement fréquentes. En France, on estime que 150 000 personnes seraient porteuses de virus B et qu'environ500 000 sujets auraient une infection chronique par le virus de l'hépatite C. Les dernières années ont été marquées par des progrès importants dans le dépistage et le traitement de ces hépatites pour lesquelles une prise en charge spécialisée est nécessaire.
 
L'alcool reste également une cause très importante de maladie du foie. Il existe une relation claire entre le risque de cirrhose et la quantité d'alcool consommée. En France, on estime que 1,5 à 2 millions de personnes sont dépendantes de l'alcool et que 5 à 6 millions ont une consommation à risque, c'est-à-dire, supérieure à 4 verres de vin par jour chez l'homme et à 2 verres par jour chez la femme.
 
Le cancer primitif du foie (carcinome hépato-cellulaire) survient presque toujours sur un foie cirrhotique. Cinq à six mille nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. Son traitement est difficile et nécessite une prise en charge spécialisée. A l'heure actuelle, les principales possibilités de traitement sont les suivantes : résection chirurgicale, destruction par injection directe dans la tumeur d'un produit nécrosant sous contrôle radiologique, chimiothérapie régionale par injection du produit dans l'artère hépatique ou encore transplantation hépatique. Le type de traitement est choisi en fonction des caractéristiques du cancer et de la gravité de la maladie du foie sous-jacente.
 
Les hépatologues sont également très impliqués dans l'activité de transplantation hépatique en étroite collaboration avec les chirurgiens hépatiques. Environ 700 greffes du foie sont réalisées en France chaque année. La transplantation est faite en cas de maladie grave du foie et ses résultats sont très bons avec une survie globale à 5 ans de l'ordre de 70% et habituellement une excellente réhabilitation.